La Geonautics Srl effettua anche rilievi magnetometrici che trovano largo impiego sia in campo ingegneristico che in quello della ricerca e dell´archeologia.
L´uso di un magnetometro (a protoni o a vapori di cesio), permette l´identificazione di target metallici anche sepolti, inoltre l´interfacciamento con una unità DGPS/RTK, fornisce una perfetta localizzazione dei vari Target. I dati cosi raccolti una volta processati vengono riportati sottoforma di mappe tematiche che evidenziano le anomalie generate dagli oggetti posti sul fondo mare e/o interrati.